Au village caché de Konoha, les enfants sont entraînés, dès leur plus jeune âge, afin de devenir des ninjas. Le hokage, protecteur et chef du village, est reconnu comme étant le ninja le plus puissant.

Il y a de cela douze ans, le démon renard à neuf queues entreprit la destruction du village de Konoha, mais le Quatrième hokage neutralisa ce démon en le scellant dans le corps d'un nouveau né : Naruto Uzumaki. En faisant cela le Quatrième hokage se sacrifia pour sauver Konoha.

L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto, vers ses douze ans. Orphelin, éternel cancre et grand farceur, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve : devenir Hokage afin d'être reconnu par les habitants de son village. En effet, le démon scellé en lui a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui, avec le temps, ont fini par assimiler Kyûbi à Naruto. Malgré cela, Naruto s'entraîne dur afin de devenir genin, le premier niveau chez les ninjas. Après plusieurs essais, il arrive finalement à recevoir son bandeau frontal de Konoha et la promotion qui va avec. Suite à la réunion de l'académie ninja, Naruto se voit accompagné par deux nouveaux personnages pour le besoin d'une équipe de trois : le talentueux Sasuke Uchiwa et la sulfureuse Sakura Haruno. Peu après, ils rencontrent leur jônin, celui qui s'occupera de leur formation : le mystérieux Kakashi Hatake.

Dans un monde où l'alchimie est élevée au rang de science, Edward Elric et son frère Alphonse, d'un an plus jeune que lui, voient très jeunes leur père partir sans laisser de trace. Ils tentent de ressusciter leur mère, récemment décédée d'une maladie, à l'aide d'une transmutation humaine (ce qui est formellement interdit). Ils échouent et en subissent les conséquences, car l'alchimie, comme toute science, obéit à des lois inéluctables. Ainsi, on ne peut obtenir quelque chose grâce à l'alchimie qu'en cédant autre chose de valeur égale, c'est la loi de l'échange équivalent (ou principe de l'équivalence dans d'autres traductions, qui pourrait s'apparenter à la loi de conservation des éléments de notre chimie). Alphonse perd son corps tout entier dans la manipulation et son frère Edward, sa jambe gauche. Edward réussit néanmoins à sauver Alphonse en liant son âme à une armure et en concédant son bras droit dans l'opération.

Dès lors, les deux frères n'ont de cesse que de retrouver l'intégralité de leurs corps. Ce dont ils ont besoin pour y arriver est la pierre philosophale qui, selon les rumeurs, aurait la faculté de permettre à l'alchimiste qui l'utilise de passer outre la loi de l'échange équivalent. Ils pourraient ainsi ressusciter quelqu'un sans faire de sacrifice en échange ou tous genres de transmutation humaine. Sur proposition de Roy Mustang (l'alchimiste de flamme), Edward Elric décide alors de passer le test d'entrée chez les alchimistes d'État afin d'obtenir les crédits de la part de l'armée pour mener à bien leurs recherches concernant cette pierre.